Il primo insediamento di San Marzanotto (Sanctum Marcianum de Rupe Sclavina) risale circa al XII secolo.In precedenza (875), l'area apparteneva al territorio di Nante, che comprendeva anche Rocca Schiavina ed il Castrum Berengarii (Belangero). La località di San Marzanotto appare per la prima volta in un documento ufficiale, col nome di S. Marcianum de Rocha Sclavina (1159), nel diploma con cui Federico Barbarossa concesse al Comune di Asti il dominio di varie località. Questi possedimenti, concessi dall'imperatore germanico, erano compresi nel raggio di 10 chilometri dalla città di Asti e facevano parte delle "ville veteres Comunis Ast", quaranta località che rappresentavano il primo territorio "annesso" dal Comune di Asti nella sua politica espansionistica. Gli abitanti di questi territori erano considerati cittadini Astigiani a tutti gli effetti, e come tali, pagavano un'imposta annua.I Savoia Nella prima area, situata oltre il Tanaro, era compreso S. Marzanotto, con Azzano, Montemarzo, Nante (località scomparsa, localizzabile nei pressi della cascina S. Secondo, presso il Torrazzo), Mongardino e BelaNel 1576 S. Marzantto giurò fedeltà ai Savoia.
In questo periodo, il Borgo venne accorpato nelle "ventine", termine sopravvissuto fino ai giorni nostri per indicare le frazioni di cui è composto il territorio municipale.
Dagli ordinati comunali di San Marzanotto, che abbracciano il periodo dal 1621 al 1929, si evince che la popolazione di San Marzanotto fu sempre una comunità molto unita, stretta intorno alla chiesa di Sanctum Marcianum.
In una relazione dell'intendente regio nel 1753 (manoscritto presso la Biblioteca civica), San Marzanotto è descritto come un piccolo luogo, di proprietà di Francesco Amedeo Roero di San Severino, residente a Torino. Il Borgo si presentava con campi coltivati, vigne, alberi da frutto, boschi. Le principali attività erano la vendita del vino e l'allevamento dei bachi da seta.
Per quanto riguarda le chiese e le congregazioni religiose, nel borgo erano presenti, oltre alla chiesa parrocchiale, la confraternita della SS. Trinità e tre compagnie: del Corpo del Signore, del Rosario e di San Martino.
Napoleone Bonaparte
Con il trattato di Cherasco del 17 aprile 1796 e con la pace di Parigi del 15 maggio, le truppe di Bonaparte occuparono gran parte del Piemonte, ma non la capitale in cui entravano il 6 dicembre 1798.
Il 21 settembre 1802 il Piemonte fu annesso alla Francia, con la suddivisione in sei dipartimenti: Po, Dora, Stura, Sesia, Marengo e Tanaro.
San Marzanotto fece parte di quello di Marengo, Circoscrizione di Asti, Mandamento di Rocca d'Arazzo.
Caduto Napoleone, Vittorio Emanuele re di Sardegna ritornò sul trono (10 maggio 1814).
San Marzanotto diventò comune con un proprio sindaco e propri consiglieri e nel 1853 fu aggregato al Mandamento di Asti. Nel 1929 il comune cessò di esistere per essere accorpato alle frazioni (ventine) del comune di Asti. Dal 1980, con l'aggregazione della località Valle Tanaro, venne istituita la Circoscrizione S. Marzanotto - Valle Tanaro.